Tipus principals: inclouen biguanides, alcohols, fenols, amines orgàniques, piridines, isotiazolinones i altres.
Característiques: Exhibeixen efectes bactericides ràpids; no obstant això, posseeixen una estabilitat tèrmica i una durabilitat relativament pobres, i poden comportar certs efectes secundaris adversos. S'uneixen fàcilment a llocs aniònics a la superfície de les membranes cel·lulars bacterianes i de floridura, o reaccionen amb grups sulfhidril, alterant així la síntesi de proteïnes i el sistema de membrana cel·lular, que inhibeix eficaçment la proliferació de bacteris i floridures. No obstant això, són propensos a la descomposició sota l'exposició a la llum ultraviolada, el que resulta en una vida útil curta; a més, alguns agents antimicrobians orgànics poden presentar efectes secundaris tòxics.
Aplicacions: actualment, els agents antimicrobians de superfície-actius orgànics més investigats i utilitzats són els compostos catiònics-que contenen nitrogen-com les sals d'amoni quaternari-que s'han aplicat àmpliament en recobriments antimicrobians.
